1998年划归内蒙古自治区管理，实行中央与地方共建、以地方管理为主的运行机制。2000年内蒙古煤炭工业学校并入；2003年更名为内蒙古科技大学；2008年以优秀等次通过教育部本科教学工作水平评估；2013年成为博士学位授予单位；2017年被教育部批准成为新增硕士研究生推免资格高校。

60多年来，内蒙古科技大学立足冶金、煤炭两大行业，面向地方经济社会发展需要，不断优化学科布局，提高人才培养层次，现已成为以冶金、矿业、煤炭、稀土为特色，以工为主，工、理、文、管、经、法、艺术、教育等学科协调发展，集研究生教育、本科教育、高职教育、继续教育、留学生教育为一体的多科性大学。

包头师范学院，坐落在享有“世界稀土之都”美誉的“草原钢城”——内蒙古自治区包头市，学校前身为1958年创建的包头师范专科学校。1996年，更名为包头师范高等专科学校。2000年，包头师范高等专科学校与原包头师范学校、包头教育学院合并升格为本科院校，更名为包头师范学院。2003年，又与原包头钢铁学院、包头医学院合并为内蒙古科技大学。2004年，经内蒙古自治区人民政府批准，以内蒙古科技大学包头师范学院校名恢复独立法人资格。2007年，实现硕士研究生招生。2008年，以优秀成绩通过教育部本科教学水平评估。2017年，顺利接受教育部本科教学工作审核评估。2020年，小学教育专业圆满完成我校首个师范类专业认证工作。

作为新中国在边疆民族地区较早建立的一所普通本科高等医学院校，包头医学院在建校当年即招收五年制临床医学专业本科学生。1959年和1961年，包头市卫生学校和内蒙古卫生干部进修学院先后并入包头医学院。1965年，改为包头医学专科学校。1978年，教育部批准恢复包头医学院。2003年6月，教育部决定包头医学院与包头钢铁学院、包头师范学院合并组建内蒙古科技大学，2005年2月内蒙古自治区人民政府批准内蒙古科技大学分为三个具有独立法人资格的办学实体，学校冠名为内蒙古科技大学包头医学院。