培养目标
立足北京，面向全国，契合京津冀区域经济社会发展和医药产业需求，旨在培养具有良好的职业道德、社会责任感和较强的创新精神和创业意识，具有良好的沟通能力和一定的国际视野，具备较扎实的化学、药学、生物学和工程学的基础和制药工程专业知识，能够在制药及其相关领域的生产企业、科研院所和管理部门等单位从事产品开发、工程设计、生产管理及技术服务等工作的德智体美劳全面发展的应用型人才。
培养特色
专业优势：2021年入选国家级一流本科专业建设点，2020年通过中国工程教育专业认证，2019年先后获批北京市重点建设一流专业（市属高校仅50个），2011年入选“教育部卓越工程师教育培养计划”。
优秀师资队伍：拥有一支国家级专家作为责任教授的高水平教师队伍，专任教师具有博士学位占89%，具有工程背景或工程经验的教师占81%。
面向产业的“3+1”人才培养新模式：构建“产学对接、校企协同”育人机制，推动企业深度参与“3+1”校企合作人才培养全过程，实现从校内课程到企业实践，从知识体系到职业能力，从学校到产业的无缝链接，打造基于“能力链-课程链-人才链-产业链”对接的人才培养新模式。
基于能力导向反向设计的课程体系：面向医药健康“产业链”发展需求，跟踪行业发展趋势，明确制药工程专业内涵，制定专业培养目标及核心职业能力，梳理“培养目标-毕业要求-课程体系”相一致的人才培养体系，反向设计“以学生能力培养为主线，药学和工程特色并重”的课程体系。
实践教学基地：与北京经济技术开发区亦庄生物医药园共建人才培养基地，2015年获批“北京市级校外人才培养基地”。与大兴生物医药产业基地、北京同仁堂（集团）有限责任公司、北京泰德制药股份有限公司、华润双鹤药业股份有限公司、北京诺康达医药科技有限公司等多家制药企业共建校企协同育人体系，为专业提高工程教育质量提供有力保障。依托“实培计划”，选派学生参加中科院微生物所、中国食品药品检定研究院等国家级科研机构高水平科研项目。
主干课程
有机化学、化工原理、生物化学、药物化学、药剂学、药理学、药物分析、制药工艺学、制药分离工程、制药设备与工艺设计、药品生产质量管理、制药过程安全与环保等。
国内读研
近年来学生毕业后考取研究生的主要学校有：中国药科大学、沈阳药科大学、北京化工大学、北京工业大学、中国科学院微生物研究所、中国医学科学院药物研究所等。
出国（境）深造
专业与英国爱丁堡大学开展“4+1”、“2+2”、“2+3”国际合作交流，与英国赫瑞瓦特大学开展“2+2”双学位合作项目，为学生拓展国际视野创造有利条件。
就业前景/就业单位
自2012年首届毕业生起至2021年，一直保持就业率为100%。学生毕业后可到医药健康领域相关的药品研发、生产或营销企业、科研院所、药品监督管理部门等企、事业单位从事药品生产、管理、营销、检验监督等工作，例如可从事此次新冠疫情防控所倚重的疫苗生产、化学药物和中药的开发和产业化等工作。近几届毕业生代表性就业单位有：中国食品药品检定研究院、北京同仁堂（集团)有限责任公司、国药集团化学试剂北京有限公司、华润集团双鹤药业股份有限公司、北京泰德制药股份有限公司、北京中卫康医药投资有限公司、北京德众万全药物技术开发有限公司、北京珐博进医药技术开发有限公司、北京利德曼生化股份有限公司等。