入选国家特色专业（2011年）和国家级一流本科专业（2020）。
生物技术被普遍认为是21世纪人类解决人口、资源、环境问题，实现可持续发展的有效途径之一。本专业以工业生物技术为特色，是全国少有的面向应用的生物技术专业。
江南大学生物技术专业以“基础扎实、特色鲜明、视野宽、能力强”为办学指导思想，依托学院雄厚的生物工程工科专业基础，进一步加强理科基础理论、基本知识和基本技能的教育和训练，并与生物技术的专业教育相结合，加强创新能力和技术训练，旨在培养出高素质、能够推动生物技术产业发展的高素质人才。
作为国家一流专业，同时也是“国家生命科学技术人才培养基地”依托专业之一，生物技术专业主要包括4个培养方向，分别是：工业微生物菌种资源开发改造及应用、重要工业微生物基因工程菌构建及表达、微生物细胞生理及遗传特性研究、代谢工程技术和发酵过程优化研究。
培养目标：本专业培养适应现代生物技术领域和经济社会发展需要的，具备生命科学的基本理论和较系统的工业生物技术的基本理论、基本知识、基本技能，在工业生物技术领域学有专长，具备较强创新意识和国际视野、强烈社会责任感、基础扎实、知识面广、综合素质高、能力强的复合型高级生物技术人才；能在工业生物技术及相关领域的企事业单位、科研机构或高等学校从事研发和管理工作。
主干课程：生物化学、微生物学、细胞生物学、分子生物学、糖生物工程、生物信息学、系统生物学、生物分离原理与技术、微生物遗传育种学
毕业去向：在科研机构或高等学校从事科学研究和教学工作，在轻工、医药、食品、环保等行业的企事业单位从事与生物技术有关的应用研究、技术开发、生产管理和行政管理等，也可以考研或出国深造。本专业近3年有10名同学出国深造，部分保送本校研究生，部分考取了浙江大学、同济大学、上海交通大学、山东大学等高校的研究生。光明乳业股份有限公司、雀巢、药明康德、海正制药、中粮、青岛啤酒股份有限公司、百威（武汉）啤酒有限公司等国内外知名企业也有本专业培养的技术骨干，总计升学和就业率100%。