2004年获批广东省首批示范性软件学院，同年开办软件工程专业并招收第一届本科生。2005年与NIIT（印度国家信息学院公司）签订联合培养协议，开启了校企联合培养模式。2007年开始先后与Intel公司、中软国际、Altera公司、广州粤嵌科技有限公司、软酷网等建立了联合培养实验室。2012年完成校级应用型本科人才培养示范专业建设，2017年依托本专业建成广东省实验教学示范中心，同年开办软件工程卓越人才培养实验班，2018年立项广东省特色专业建设。
培养目标：本专业面向国民经济信息化建设和广东区域发展需求，结合学校海洋特色，培养德智体美劳全面发展，能够在软件工程及其服务领域从事复杂软件系统的组织、设计、开发和维护等工作的应用型高素质人才。毕业生工作5年左右，可在其工作岗位担任项目主管或骨干，能够解决复杂工程实践中的关键问题。
主要课程：数据结构、离散数学、Java 程序设计、计算机组成与结构、编译原理、数据库原理及应用、操作系统、计算机网络、软件工程 等。
主要实践性教学环节：企业认知实践、程序设计基础实践、面向对象程序设计实践、硬件综合实践、数据库应用实践、软件综合实践、软件工程项目开发企业实训、毕业实习、毕业设计。