药学专业是西南大学校级重点建设专业，2017年在全国第十个通过药学专业认证（全国有232个药学专业），目前是西南大学唯一一个通过专业认证的专业；2018年，药学专业成为重庆市首批本科一流专业立项建设项目（重庆市唯一一个药学类一流本科）。本专业于1993年开始招收药学专业专科，1998年开始招收药学专业本科，主要培养能在科研机构、制药企业、医疗机构、药品监督管理部门等从事研究开发、检测分析、合理用药指导、生产与管理、营销等工作的高素质药学人才。学院药学学科已成为国家生物学一流学科的重要支撑学科、重庆市重点学科和西南大学一流培育学科。本专业所属的药学院现有药学博士后科研流动站（2014年），药学一级学科博士学位授权点（2018年），有药学（2018年）、中药学（2011年）学术硕士学位授权点，有中药学（2014年）和制药工程（2011年）专业硕士学位授权点。学院还有国家中医药管理局和重庆市重点学科3个，有省部级重点实验室、科研平台6个，重庆市高校创新团队1个；拥有“国家级药学实验教学（示范）中心”，“国家级药学虚拟仿真实验教学中心”及20多个校外实习基地（药学院是全国第一批获批国家级药学虚拟仿真实验教学中心的办学单位，全国三家同时拥有国家级药学实验教学示范中心和国家级药学虚拟仿真实验教学示范中心的办学单位之一）；
药学专业现有教师51名，高级职称教师28名，35名有博士学位，24名有海外留学或工作经历，教师中有国家杰青、国家优青、教育部新世纪人才、重庆市青年拔尖人才、重庆市百人计划、中医药教学名师、校级教学名师等各类优秀人才。为进一步推进师资队伍的国际化，学院先后引进全职美籍教授3人和印度籍教授1人，从美国、澳大利亚、加拿大及国内知名高校聘请了20余位兼职教授、客座教授，基本形成了结构合理，实力雄厚的师资队伍。
学院充分利用国际优质教育资源，加大国际化人才的培养力度。组建了远志全英文创新实验班（为西南大学第一个全英文教学创新实验班），实施全英文教学、个性化培养。近5年来，先后有50余名学生赴美国、加拿大、澳大利亚等国家攻读学位或短期交流。学院先后与泰国孔敬大学药学院签署学术交流合作协议，与爱尔兰卡洛理工学院联合开展“3+1生物制药本科双学位联合培养项目”。
本专业核心课程有：药物化学、药剂学、药理学、药物分析、生药学、天然药物化学和药事管理学。
本专业毕业生主要在药品生产制备、质量控制、用药指导、药品流通及药物研究开发和药物评价等相关领域工作。医药产业是国家战略新兴产业，社会需求旺盛。同时，学院已与多家企业建立了长期的用人合作关系，为学生就业打下了良好的基础。