学校于1989年9月，经西藏自治区人民政府批准创建, 1989年9月，西藏自治区藏医学校（1983年创办）和西藏大学藏医系（1985年开设）合并成立西藏大学藏医学院；1993年2月原国家教委同意西藏大学藏医学院单独设置，成立药王山藏医学院（一直使用“西藏藏医学院”名称），2001年7月教育部同意药王山藏医学院更名为西藏藏医学院。2016年6月24日，西藏自治区政府和国家中医药管理局签署了共建西藏藏医学院协议。2017年成为西藏自治区“2011”藏医药区域协同创新中心建设单位。2018年新增藏医学博士授予单位和授权点及藏药学硕士授权点；经教育部同意西藏藏医学院更名为西藏藏医药大学。2019年，经教育部认定学校成立“藏医药省部共建协同创新中心”,新设西藏藏医药大学博士后科研流动站。