新疆应用职业技术学院是根据自治区经济社会发展和高校布局调整的需要，2012年初经自治区人民政府批准成立、国家教育部备案的一所独立设置的以培养应用型、技能型人才为主的公办全日制普通高等职业院校。

学院自1974年6月成立的农七师师范学校起，历经奎屯师范学校、伊犁州奎屯师范学院、伊犁州教师进修学院、伊犁教育学院、伊犁师范学院奎屯校区等变迁，先后五次调整隶属关系、七次更名。2018年7月，自治区党委根据全区高等职业教育布局的需要，将学院隶属关系调整至伊犁哈萨克自治州。 2020年12月25日奎屯市中等职业技术学校并入学院。