1958年7月，为加快安徽建设，改变皖北地区人民群众缺医少药的局面，国家决定由原上海第二医学院（现上海交通大学医学院）援建创立蚌埠医学院。

学校坐落于淮河流域重要的交通枢纽城市——蚌埠，濒临千里淮河，承山水涵养之灵气，传杏林济世之流芳,现有龙子湖校区、治淮校区、宏业校区、淮上校区和高铁校区，占地面积1760余亩，是安徽省园林式单位和绿化模范单位，安徽省首届教育系统文明单位和安徽省第十一届文明单位。

学校充分发挥高校科研人才优势，积极服务地方经济社会发展。近年来，承担省部级及以上科研项目1000余项，其中，国家自然科学基金项目60余项；获省部级以上奖励近40项，其中，国家科学技术进步奖二等奖2项；授权专利数106项，发表SCI、EI、Medline检索收录论文2800余篇；主编国家规划教材13部，参编42部，公开出版发行《蚌埠医学院学报》《中华解剖与临床杂志》《中华全科医学》3种学术刊物。学校积极开展国内外学术交流活动，先后与美、法、德、日、澳、韩等国以及港澳台地区学术机构、高等院校建立了协作关系。

运动康复，生物技术，生物科学，应用心理学，应用统计学，医学信息工程，物联网工程，制药工程，食品质量与安全，生物医学科学，精神医学，医学影像学，临床医学，儿科学，麻醉学，口腔医学，预防医学，食品卫生与营养学，药学，药物分析，临床药学，康复治疗学，医学检验技术，医学影像技术，卫生检验与检疫，智能医学工程，护理学，助产学，信息管理与信息系统，健康服务与管理