安徽交通职业技术学院是安徽省唯一一所同时具有远洋和内河船员教育和培训资质的高校。水运工程系严格按照《中华人民共和国船员培训管理规则》要求建设,2008年通过国家海事局审核、验收,获得国家海事局颁发的无限航区三副、三管轮船员教育和培训许可证书、质量管理体系证书。学院现有航海技术、轮机工程技术两个航海类专业,拥有航海实训中心、轮机实训中心和多个校企合作实习实训基地;拥有一支政治素质过硬、业务精湛的教师队伍。专业教师持有海船适任证书比例为100%,高级职称教师比例为60%。主要培养具有无限航区一类三副、三管轮以及内河船长、轮机长、驾驶员和轮机员等具有实际操作和管理能力、能胜任现代化船舶驾驶与管理的高级应用型人才。学生实行半军事化管理,实行订单培养,入学即与企业签订就业协议,享受企业和学院双重奖金,且在校期间的培训费全免,开创全国先例。